Начало - Первый отдел
Во 2 сезоне Юрий Брагин работает сразу в трех оперативных группах. Вскоре ему начинают поступать угрозы от неизвестных людей, но он не обращает внимания на опасность и продолжает вести расследования. Не добившись желаемого, преступники пытаются убить Юрия. Тогда вышестоящее руководство отправляет его обратно в Питер.
В это же время туда переводят и Михаила Шибанова. Работники УФСИН обращаются к ним за помощью: из охраняемой психиатрической лечебницы сбежал матерый рецидивист Игорь Кармухин, предварительно устроив пожар, в котором погибло двое гражданских и двое сотрудников их службы.